INNV
Lab180 Srpski

English
Početak Istraživanja MPNTR Istraživačka tema Projekti Fonda za nauku Publikacije Bioinformatički alati MethSpec TRI_tool IDPpi_tool HP-GAS DiNGO EpiMut Zaposleni Kontakt Vesti

Istraživanja

Bioinformatičke studije funkcija i interakcija proteina

Razumevanje kako se proteini međusobno prepoznaju dopunjuje informacije o vezivanju proteina tako što donosi neophodne uvide u načine na koje se postiže i visok afinitet i visoka specifičnost.

Naši skorašnji radovi o interakcijama proteina i ćelijskim mehanizmima:

  • Veljkovic et al. Influenza vaccine as prevention for cardiovascular diseases: Possible molecular mechanism. Vaccine. 2014. pii: S0264-410X(14)00933-5.
  • Mancini et al. Cytoplasmatic compartmentalization by Bcr-Abl promotes TET2 loss-of-function in chronic myeloid leukemia. J Cell Biochem. 2012. 113(8):2765-74.
  • Veljkovic et al. Physical activity and natural anti-VIP antibodies: potential role in breast and prostate cancer therapy. PLoS One. 2011. 6(11):e28304.
  • Veljkovic et al. Characterization of conserved properties of hemagglutinin of H5N1 and human influenza viruses: possible consequences for therapy and infection control. BMC Struct Biol. 2009. 9:21.

Razumevanje posledica genetičkih varijacija

Razvijen je veliki broj bioinformatičkih alata, koji se koriste za potragu za potencijalno štetnim SNP-ovima, sa ciljem da zamene skupe laboratorijske analize. Mi vršimo sistematsku evaluaciju efekata genskih mutacija i pojedinačnih aminokiselinskih supstitucija na funkciju humanih i virusnih proteina. Nedavno, filogenetski pristup zasnovan na ISM-u primenjen je na procenu funkcionalne evolucije proteinskih sekvenci.

Neki od naših skorašnjih radova o analizi genskih varijacija:

  • Perovic et al. Novel phylogenetic algorithm to monitor human tropism in Egyptian H5N1-HPAIV reveals evolution toward efficient human-to-human transmission. PLoS One. 2013. 26;8(4):e61572.
  • Gemovic et al. Feature-based classification of amino acid substitutions outside conserved functional protein domains. Scientific World Journal. 2013. 17;2013:948617.
  • Perovic. Novel algorithm for phylogenetic analysis of proteins: application to analysis of the evolution of H5N1 influenza viruses. J Math Chem. 2013. vol. 51 br. 8, str. 2238-2255.

Istraživanja lekova i terapeutika

Proteini su odgovorni za skoro sve oblasti ćelijskog života i većina bolesti je uzrokovana poremećajima ekspresije ili funkcije proteina. Zato ne iznenađuje što proteini predstavljaju najatraktivnije terapeutske mete u farmaceutskoj industriji. Sa konstantnim padom cena sekvenciranja, javlja se urgentna potreba za razvojem kompjuterskih metoda, koje će ubrzati proces otkrivanja terapeutskih targeta. Mi primenjujemo računarske molekulske analize, koje pojednostavljuju pretraživanje hemijskih biblioteka i de novo dizajn peptida sa zadatom biološkom aktivnošću.

Neki naši radovi o pretraživanju molekula sa osobinama lekova i dizajnu bioaktivnih peptida:

  • Veljkovic et al. The role of long-range intermolecular interactions in discovery of new drugs. Expert Opin Drug Discov. 2011. 6(12):1263-70.
  • Nikolic et al. Imidazoline-1 receptor ligands as apoptotic agents: pharmacophore modeling and virtual docking study. Comb Chem High Throughput Screen. 2013. 16(4):298-319.
  • Vergara-Alert et al. Conserved synthetic peptides from the hemagglutinin of influenza viruses induce broad humoral and T-cell responses in a pig model. PLoS One. 2012. 7(7):e40524.
  • Veljkovic et al. Can natural antibodies to VIP or VIP-like HIV-1 glycoprotein facilitate prevention and supportive treatment of breast cancer? Med Hypotheses. 2011. 77(3):404-8.